あります。
年俸制でも残業代を支払う必要があります。
年俸として額を決めているので、支払わなくてもいいのではないか。
そんな考えにより、誤解が生じたのだと思います。
あくまでも残業代は法定労働時間を超えた場合に発生するものです。
つまり、原則１日８時間又は週４０時間を超えた場合は、年俸制でも残業代を支払わなければなりません。
例えば年間４８０万円を支払うという年俸制の給与を決めただけでは、残業代に何の関係もありません。
原則通り残業代が発生します。
労働者側からは年俸制だからと残業代をあきらめる必要はありません。
逆に言えば、経営者側からは年俸制だからといって安心はできません。